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Questões de Não definido da FUVEST

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Listagem de Questões de Não definido da FUVEST

#Questão 1107529 - Não definido, , FUVEST, 2025, USP, Especialista em Laboratório (Especialidade: Informática Biológica)

Repositórios públicos de dados ômicos permitem o armazenamento e compartilhamento de dados gerados em pesquisas biomédicas. Esses bancos de dados disponibilizam informações em diferentes níveis de processamento, permitindo que pesquisadores realizem novas análises e validem descobertas. Assinale a alternativa que descreve corretamente como o depósito de dados nesses repositórios contribui para a reprodutibilidade e integridade da pesquisa científica.

O depósito de dados no GEO e no SRA permite que outros pesquisadores acessem, reavaliem e comparem conjuntos de dados, garantindo a transparência dos experimentos e possibilitando novas descobertas a partir de reanálises.

Como as análises de expressão gênica são altamente específicas para cada experimento, a reutilização de dados depositados no GEO e SRA é limitada, tornando a submissão opcional e sem impacto significativo na reprodutibilidade científica.

exigência de metadados nos repositórios GEO e SRA se restringe à descrição técnica da plataforma de sequenciamento utilizada, não sendo necessária a inclusão de informações experimentais detalhadas.

Dados depositados no GEO e no SRA devem ser acessados exclusivamente pelos autores originais do estudo, garantindo que apenas os pesquisadores envolvidos possam manipular as informações e prevenir interpretações equivocadas.

O armazenamento de dados brutos em repositórios como GEO e SRA tem impacto mínimo na ciência aberta, pois os arquivos são de difícil interpretação sem os scripts exatos utilizados para processamento.

#Questão 1107530 - Não definido, , FUVEST, 2025, USP, Especialista em Laboratório (Especialidade: Informática Biológica)

A análise de RNA-seq envolve múltiplas etapas, incluindo mapeamento de leituras, quantificação, normalização e análise estatística de expressão diferencial. O mapeamento eficiente de sequências contra um genoma de referência pode impactar diretamente a precisão dos resultados, assim como a escolha de métodos de quantificação e normalização. Ferramentas como STAR e HISAT2 realizam alinhamento, enquanto Salmon emprega um modelo livre de alinhamento para quantificação. Da mesma forma, pacotes estatísticos como DESeq2, edgeR e limma são amplamente utilizados para normalizar e identificar genes diferencialmente expressos. Qual abordagem melhor representa as vantagens e limitações das diferentes metodologias de análise de RNAseq?

O STAR e o HISAT2 são equivalentes em desempenho e sempre retornam os mesmos resultados, independentemente das características da amostra ou do genoma de referência.

O STAR e o HISAT2 utilizam estratégias de mapeamento distintas, sendo que o STAR é mais rápido devido ao seu algoritmo baseado em índices do tipo suffix array, enquanto o HISAT2 apresenta melhor desempenho em genomas altamente polimórficos.

A quantificação via Salmon, por não utilizar alinhamento tradicional, compromete a precisão dos resultados ao estimar a expressão gênica de forma indireta, tornando-o inviável para análises robustas.

O DESeq2 e o edgeR utilizam métodos idênticos de normalização de contagens, tornando sua escolha irrelevante para a análise de expressão diferencial.

A normalização em análises de RNA-seq é dispensável, pois a contagem absoluta de transcritos já representa fielmente a expressão gênica em todas as amostras analisadas.

#Questão 1107531 - Não definido, , FUVEST, 2025, USP, Especialista em Laboratório (Especialidade: Informática Biológica)

A integração de diferentes camadas de dados ômicos, como genômica, transcriptômica, proteômica e metabolômica, é um desafio fundamental na biologia de sistemas. Um dos obstáculos é a alta dimensionalidade dos dados, o que pode dificultar a interpretação e levar a correlações espúrias. Estratégias como a redução de dimensionalidade (por exemplo: PCA), correlação entre dados distintos e a construção de redes de interação ajudam a identificar padrões biológicos significativos e inferir relações funcionais entre genes, proteínas e metabólitos. Diante desse contexto, qual das alternativas a seguir apresenta corretamente um benefício da construção de redes de coexpressão gênica na integração de dados multiômicos?

A construção de redes de coexpressão gênica permite identificar módulos funcionais, agrupando genes que apresentam padrões de expressão correlacionados, o que pode sugerir regulação compartilhada e participação em vias biológicas específicas.

análise de redes de coexpressão reduz automaticamente a dimensionalidade dos dados, eliminando genes não expressos e garantindo que todos os genes no módulo tenham papel funcional relevante.

Redes de coexpressão gênica garantem que genes altamente expressos sejam priorizados nas análises, uma vez que a abundância de transcritos é o principal fator determinante para a funcionalidade biológica.

A utilização de redes de coexpressão evita a necessidade de análises estatísticas adicionais, pois os genes agrupados em um mesmo módulo necessariamente interagem fisicamente entre si.

Em redes de coexpressão, a inclusão de dados metabolômicos ou proteômicos não influencia os resultados, pois a regulação gênica ocorre apenas no nível da transcrição, sem necessidade de outras camadas de informação.

#Questão 1107535 - Não definido, , FUVEST, 2025, USP, Especialista em Laboratório (especialidade: Espectrometria de Massas de Amostras Biológicas)

Com relação a análises de metabólitos por espectrometria de massas, assinale a alternativa correta.

Experimentos de metabolômica não-direcionada são geralmente realizados em instrumentos de alta resolução, permitindo a quantificação absoluta dos analitos.

Uma molécula isotopicamente marcada como padrão, geralmente um metabólito presente nas amostras, é utilizada para a quantificação absoluta dos analitos com sinal dentro de uma faixa de aproximadamente 5 minutos de tempo de retenção cromatográfica.

Uma metabolômica não-direcionada é uma estratégia que inclui um passo para identificação dos metabólitos e é comumente uma estratégia geradora de hipóteses.

A vantagem da quantificação relativa de analitos utilizando-se metabolômica direcionada é a possibilidade de se comparar a quantificação de amostras provenientes de diferentes estudos, e obtidas em diferentes instrumentos.

Para a identificação molecular dos metabólitos obtidos em experimentos de metabolômica não-direcionada, é necessária uma busca contra o banco de dados derivado da informação genômica.

#Questão 1107536 - Não definido, , FUVEST, 2025, USP, Especialista em Laboratório (especialidade: Espectrometria de Massas de Amostras Biológicas)

Em relação a analisadores de massas e suas características, é correto afirmar:

Em um analisador do tipo ion-trap, íons produtos com razão massa/ carga (m/z) menor que aproximadamente um terço da m/z dos íons precursores não são identificados.

Os analisadores do tipo quadrupolo e TOF (tempo de voo) possuem a capacidade de analisar compostos dentro de um grande intervalo de massa (de pequenas moléculas a proteína intactas, de alguns a milhares de Daltons) e, por essa razão, funcionam muito bem acoplados em instrumentos híbridos do tipo Q-TOF.

Um espectrômetro de massas do tipo quadrupolo-TOF (QTOF) é um instrumento híbrido capaz de realizar experimentos com três ou mais estágios de fragmentação sequencial (MSn).

Os analisadores do tipo TOF e tipo orbitrap são analisadores de alta resolução, entretanto, o poder de resolução é inversamente proporcional à raiz quadrada da razão massa / carga sendo medida.

Uma vantagem do analisador do tipo orbitrap em relação ao analisador do tipo TOF é que o primeiro possui maior velocidade de aquisição de espectros.

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