As duas formas principais de doenças inflamatórias intestinais são a doença de Crohn e a colite ulcerativa. Essas doenças partilham de características clínicas, incluindo diarreia, febre, perda de peso, anemia, intolerâncias alimentares, desnutrição, deficiências de crescimento e manifestações extraintestinais. Alimentos prebióticos podem ser benéficos no tratamento clínico nutricional das DII, porque os prebióticos como:
