A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.

As sequências derivadas de bibliotecas de cDNA são processadas para identificar e eliminar as regiões de baixa qualidade, regiões de vetores, primers e outros contaminantes.

A tecnologia SAGE está baseada no sequenciamento de pequenos fragmentos de cDNA de uma região relativa do transcrito, cujo princípio se fundamenta no pressuposto de que o pequeno fragmento (tag) contém informação suficiente para identificar, univocamente, um gene. A respeito das aplicações de SAGE nas pesquisas do câncer, julgue os itens a de 92 a 100.

O método DDD (digital differential display) determina a significância da diferença de frequência de ESTs de um mesmo conjunto de bibliotecas de cDNA.

O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.

Em câncer de mama, os experimentos de microarranjo têm, consistentemente, separado tumores com base na presença ou ausência da expressão do receptor de estrogênio (ER).

O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.

A análise não supervisionada define classes de tumores por meio do agrupamento de genes ou espécimes, com base nas semelhanças dos perfis de expressão gênica, sem qualquer organização inicial.

O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.

A técnica de microarranjo permite a detecção de centenas e milhares de alterações em genes codificadores de proteínas e anormalidades em genes não codificadores.

O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.

O desenho experimental de um microarranjo permite a identificação de genes diferencialmente expressos e o desenvolvimento de novas ferramentas de diagnóstico.

O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.

A normalização utiliza descritores estatísticos que incluem a média, mediana, moda ou percentil da distribuição da intensidade das amostras no arranjo.

O microarranjo é uma técnica que busca medir os níveis de expressão de transcritos em larga escala. A tecnologia dos microarranjos tem impulsionado, de maneira importante, a pesquisa de genômica funcional de diferentes organismos, desde a bactéria até o ser humano, em situações normais e patológicas (câncer, doenças autoimunes, doenças degenerativas, entre outras). Considerando os processamentos bioinformáticos dos experimentos de microarranjo, julgue os itens a seguir.

De modo geral, os passos para a análise de microarranjos são: preparação, aquisição, processamento, análise da imagem, quantificação e normalização e, finalmente, a identificação dos genes diferencialmente expressos.

Julgue os itens que se seguem, acerca da organização de bancos de dados de genes.

As bases de dados COG e KOG são bases de dados de proteínas ortólogas de organismos procariotos (COG) e eucariotos (KOG).

Julgue os itens que se seguem, acerca da organização de bancos de dados de genes.

No banco de dados de ESTs (etiquetas de sequências expressas) armazenado no GenBank, estão estocadas sequências curtas de cerca de 200 a 500 nucleotídeos e identificadas como únicas em um genoma resultante de um amplicon pela reação da polimerase em cadeia (PCR).