Áreas protegidas com a função de preservar os recursos hídricos, a paisagem, a estabilidade geológica, a biodiversidade, o fluxo gênico de fauna e flora, proteger o solo e assegurar o bem estar das populações humanas são definidas pelo Código Florestal brasileiro como "Áreas de preservação permanente". São ecossistemas que podem ser classificados nessa categoria:
Amazônia, Caatinga, Campos Sulinos, Cerrado, Sistema Costeiro, Mata Atlântica e Pantanal.
Mata Atlântica, Amazônia, Pantanal, Cerrado, Caatinga e Pampa.
florestas situadas ao longo dos rios, ao redor das lagoas, lagos ou reservatórios d'água, nos topos de morro, nas encostas com declividade superior a 45º, nas restingas, como fixadoras de dunas ou estabilizadoras de mangues, entre outras.
floresta ombrófila densa; floresta ombrófila mista; floresta ombrófila aberta; floresta estacional semidecidual; floresta estacional decidual; Manguezais; Restingas; Vegetações de dunas e de cordões arenosos e Ilhas litorâneas.
vegetação secundária em estágio de regeneração inicial, médio e avançado.
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