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Uma bactéria localizada em uma parte do corpo humano em que normalmente ela não é encontrada pode acarretar o surgimento de doença.
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Embora os microrganismos sejam considerados importantes para a manutenção da saúde, o organismo humano seria menos suscetível a doenças se não houvesse contato entre o recém-nascido e os microrganismos da mãe durante o parto.
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Antagonismo microbiano, ou exclusão competitiva, ocorre quando o hospedeiro se beneficia da competição entre a microbiota normal e os micróbios potencialmente patogênicos.
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A existência de indivíduos coinfectados assintomáticos é um exemplo de como tem sido difícil elucidar os mecanismos de adaptação que favorecem o paradigma da coadaptação e da coexistência entre homem e micróbio.