Os testes de infiltração não são obrigatórios, mas são recomendados antes dos procedimentos de desinfecção, pois a entrada de substâncias pode inutilizar o fibroscópio.
O glutaraldeído, produto usado na desinfecção de endoscópios, é uma substância tóxica que pode causar irritação de pele e mucosa; por isso, exige-se equipamento de proteção individual no seu manuseio, além de ventilação adequada da sala de desinfecção.
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