Sobre as configurações e ajustes do microscópio...

O pinhole no plano de imagem deve ser ajustado para o maior diâmetro possível, a fim de maximizar a quantidade de luz coletada.

A resolução axial (profundidade) do microscópio confocal é independente do tamanho do pinhole.

A resolução lateral do microscópio confocal é determinada apenas pelo comprimento de onda da luz, sem influência do pinhole.

O microscópio confocal não requer alinhamento óptico preciso, pois o sistema de detecção é autoajustável. 

O uso de um pinhole pequeno melhora a resolução axial, mas reduz a intensidade do sinal detectado.