Tendo em vista que a bioinformática possui estreita relação com o sistema operacional Linux, softwares livres e dependência de hardwares específicos para viabilizar as análises, julgue os itens de 91 a 95, relativos ao desenvolvimento de software na bioinformática. O Linux, sistema operacional da família Unix, é amplamente utilizado na bioinformática por ser livre e possuir uma distribuição oficial centralizada.

Na década de 70 do século passado, o cientista Carl Woese revolucionou o meio científico ao utilizar a sequência do RNA ribossômico (rRNA) para classificar os organismos. Com esse uso pioneiro da filogenia molecular, surgiu a classificação dos organismos em três domínios: eucariotos, bactérias e arquea. Considerando esse assunto, julgue os próximos itens, referentes ao papel da bioinformática no estudo da evolução de genes e de organismos. A metagenômica estuda as comunidades microbianas nos seus ambientes naturais. Técnicas de NGS são utilizadas para sequenciar regiões do gene de rRNA 16S. Computacionalmente, mesmo sequências que apresentem diferenças de até 3% das bases podem ser consideradas provenientes da mesma espécie.

Na década de 70 do século passado, o cientista Carl Woese revolucionou o meio científico ao utilizar a sequência do RNA ribossômico (rRNA) para classificar os organismos. Com esse uso pioneiro da filogenia molecular, surgiu a classificação dos organismos em três domínios: eucariotos, bactérias e arquea. Considerando esse assunto, julgue os próximos itens, referentes ao papel da bioinformática no estudo da evolução de genes e de organismos. A construção de árvores filogenéticas, que se baseia em sequências moleculares de proteínas ou de nucleotídeos, utiliza metodologias como máxima verossimilhança, máxima parcimônia e inferência bayesiana para fornecer representações exatas da taxonomia de um grupo de organismos.

Na década de 70 do século passado, o cientista Carl Woese revolucionou o meio científico ao utilizar a sequência do RNA ribossômico (rRNA) para classificar os organismos. Com esse uso pioneiro da filogenia molecular, surgiu a classificação dos organismos em três domínios: eucariotos, bactérias e arquea. Considerando esse assunto, julgue os próximos itens, referentes ao papel da bioinformática no estudo da evolução de genes e de organismos. O uso de sequências moleculares para estudos evolutivos requer como entrada um alinhamento múltiplo de sequências gerado por programas como Clustalw e Muscle.

O prêmio Nobel de Química de 2013 foi concedido a cientistas pioneiros da bioinformática estrutural, que desenvolveram modelos computacionais para a simulação de dinâmica de proteínas. Acerca da bioinformática estrutural, julgue os itens que se seguem. Com os avanços da simulação computacional, foi solucionado o problema da predição da estrutura tridimensional de proteínas a partir de sua estrutura primária, eliminando-se a lacuna, criada pela genômica, de milhões de sequências disponíveis em bancos de dados sem informação estrutural.

O prêmio Nobel de Química de 2013 foi concedido a cientistas pioneiros da bioinformática estrutural, que desenvolveram modelos computacionais para a simulação de dinâmica de proteínas. Acerca da bioinformática estrutural, julgue os itens que se seguem. Na dinâmica molecular, aproximações baseadas em modelos da física clássica são utilizadas para simular o movimento coordenado dos átomos e, com isso, capturar as flutuações conformacionais de moléculas, incluindo proteínas e ácidos nucleicos.

O prêmio Nobel de Química de 2013 foi concedido a cientistas pioneiros da bioinformática estrutural, que desenvolveram modelos computacionais para a simulação de dinâmica de proteínas. Acerca da bioinformática estrutural, julgue os itens que se seguem. Programas de predição de estrutura que utilizam a modelagem por homologia, dependem de proteínas que possuam estrutura conhecida e identidade de sequência com a proteína predita.

O prêmio Nobel de Química de 2013 foi concedido a cientistas pioneiros da bioinformática estrutural, que desenvolveram modelos computacionais para a simulação de dinâmica de proteínas. Acerca da bioinformática estrutural, julgue os itens que se seguem. Bancos de dados como Pfam, SMART e CDD são importantes para auxiliar na anotação funcional de proteínas, uma vez que catalogam milhares de domínios proteicos, os quais são segmentos discretos e conservados que adotam uma estrutura tridimensional particular no contexto da proteína.

A partir da metade da primeira década do século XXI, com o advento de novas tecnologias de sequenciamento de DNA (tecnologias NGS), ocorreu uma revolução nas ciências genômicas. A capacidade de geração de sequências foi incrementada, com a consequente queda nos custos. No que se refere a essas tecnologias, julgue os itens de 77 a 82. O mapeamento genômico de sequências curtas oriundas de tecnologias NGS contra um genoma de referência utiliza algoritmos derivados do programa Blast, que faz uma busca eficiente por similaridade entre um grande número de sequências.

A partir da metade da primeira década do século XXI, com o advento de novas tecnologias de sequenciamento de DNA (tecnologias NGS), ocorreu uma revolução nas ciências genômicas. A capacidade de geração de sequências foi incrementada, com a consequente queda nos custos. No que se refere a essas tecnologias, julgue os itens de 77 a 82. O formato FASTQ é o padrão de saída de dados dos novos sequenciadores automáticos, o qual fornece, além da sequência de cada fragmento, a probabilidade de erro na nomeação de cada base.