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O termo motivo de uma proteína tem mais de um significado em bioquímica. No contexto de seqüência, refere-se a um padrão de aminoácidos conservados que é encontrado em duas ou mais proteínas. Também é definido como um padrão de aminoácidos encontrado em um grupo de proteínas com atividade bioquímica similar e que, freqüentemente, é próximo do sítio ativo da proteína. No contexto estrutural,polipeptídica, formando uma configuração tridimensional específica. refere-se a combinação de muitos elementos de estrutura secundária que interage com as regiões adjacentes da cadeia
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O uso de digestão com protease pode ser útil para estudar, entre outras, as seguintes porções de uma proteína: separar domínios de uma proteína; identificar potencial modificação pós-traducional por meio da espectrometria de massa; avaliar a sensibilidade de determinada proteína a uma protease endógena.
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A genômica estrutural tem como base o entendimento das bases moleculares da diversidade entre as espécies e o comportamento dos organismos em diferentes ecossistemas.
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A genômica funcional pode ser compreendida como um conjunto de métodos, técnicas e procedimentos experimentais que permitem o entendimento global dos mecanismos biológicos que sustentam a vida de um organismo.
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O estudo proteômico divide-se, basicamente, em duas etapas: a separação das proteínas a partir do fracionamento de um extrato celular; e a identificação de cada proteína.
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Entre as principais e mais rentáveis tecnologias de análise da expressão gênica em larga escala, em termos de quantidade e qualidade da informação gerada, incluem-se o seqüenciamento em larga escala de bibliotecas de cDNA, que gera informação conhecida como EST; a tecnologia SAGE; e microarranjos ou chips de DNA.
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O estudo de transcriptoma é importante para a análise proteômica de determinado tecido ou célula. Em adição, a transcriptoma pode ser utilizada para um aumento da escala de identificação de proteína e mapas de ligação.
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Uma das mudanças aceleradas pela entrada da genética vegetal na era genômica foi a utilização do esquema denominado genética reversa para a identificação da função dos genes. A genética direta, em que se identifica primeiramente os fenótipos mutantes e depois as mutações gênicas que os determinam, contribuiu para o desenvolvimento da genética vegetal. Entretanto, a genética reversa permite a identificação, em larga escala, da função dos genes a partir da seqüência genômica de um organismo, mesmo tendo-se pouca informação da maioria dos genes que ela codifica.
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A tecnologia de RNA interferente tem sido utilizada com muito sucesso em vírus de RNA e DNA. Essa tecnologia constitui uma importante ferramenta para estudos de função de genes advindos de projetos genoma e proteoma de diferentes vírus.