O processo de decomposição da matéria orgânica é essencial no ambiente de cultivo, pois proporciona a reciclagem dos nutrientes da água, desde que haja condições ambientais favoráveis. Em condições de anóxia, o processo de decomposição pode gerar resíduos altamente tóxicos. São gases altamente tóxicos provenientes do processo de decomposição anaeróbica da matéria orgânica:
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