A frase estruturada de maneira clara e correta é:...

Se trata, no caso de crise, de rejeição: a civilização propõe valores, que em vez de ser transgredidos na prática, ela própria repele, aceitos na teoria.

Crise de civilização supõe recusa dos valores propostos pela própria civilização, e não transgressão, na prática, de princípios aceitos na teoria.

Implicando por de lado o que é pressuposto pela civilização, a crise existe, senão é só violação prática dos valores tido como base na teoria.

A transgressão na prática de princípios adotados na teoria, não é crise de civilização, sendo esta o repúdio de valores postos por si mesmo.

No caso de crise sugere que houve negação, pela própria civilização, a valores impostos por ela mesmo, contrário da transgressão, na prática, de princípios válidos na teoria.