A eficiência dos sistemas de tratamento de esgoto utilizando lodos ativados depende do conhecimento detalhado dos microrganismos presentes que se sucedem ao longo de processo. Entre estes, são de importância fundamental
os rotíferos que consomem compostos orgânicos dissolvidos prejudiciais aos microdecompositores.
as cianobactérias que liberam a maior parte do oxigênio consumido pelos demais microrganismos.
os protozoários ciliados que promovem ativamente a mineralização da matéria orgânica.
as bactérias que degradam compostos orgânicos, e são fundamentais na floculação.
os fungos filamentosos, que são os principais responsáveis pela floculação do material inorgânico.
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