A AUGE opera como unidade de auditoria dos órgãos da administração direta. As entidades da administração indireta dispõem de unidades de auditoria setoriais.

De acordo com a classificação usualmente adotada, a AUGE é um órgão de linha e o Sistema Central de Auditoria Interna, uma entidade de staff.

A referida lei, ao determinar que a função de auditoria se estende às entidades onde o estado tem participação acionária indireta, refere-se às entidades em que ele não detém o controle.

O apoio devido ao exercício do controle externo do Poder Legislativo pressupõe ações coordenadas e a cooperação da AUGE com o Tribunal de Contas do Estado (TCE).

A AUGE, ao avaliar os programas de governo, tendo constatado seu descumprimento e falta de efetividade, tem a prerrogativa de suspendê-los e substituí-los por novos programas.