No orçamento tradicional, a estrutura do orçamento está voltada para os aspectos administrativos e de planejamento, enquanto no orçamento-programa a estrutura do orçamento dá ênfase aos aspectos contábeis de gestão.

No orçamento tradicional, o processo orçamentário é dissociado dos processos de planejamento e programação, enquanto no orçamento-programa, o orçamento é o elo entre o planejamento e as funções executivas da organização.

No orçamento tradicional, a alocação de recursos visa a aquisição de meios enquanto no orçamento programa a alocação de recursos visa a consecução de objetivos e metas.

Na elaboração do orçamento tradicional, são consideradas as necessidades financeiras das unidades organizacionais, enquanto na elaboração do orçamento-programa são considerados todos os custos dos programas, inclusive os que extrapolam o exercício.

No orçamento-programa, o principal critério de classificação das despesas é o funcional-programático, enquanto no orçamento tradicional os principais critérios classificatórios são as unidades administrativas e os elementos.