A excitação dos fluoróforos é provocada por uma fonte de laser, cujo foco é direcionado por um conjunto de lentes para profundidades predeterminadas.

Caso o contorno celular se mova em apenas um pixel dentro do campo de visão, as comparações entre os níveis de fluorescência naquela posição não se alteram significativamente.

Muitos dos fenômenos de interesse que são medidos usando-se corantes ocorrem próximos à periferia da célula e(ou) na membrana plasmática.

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A imagem coletada é apenas a imagem iluminada que alcança o detector, e as imagens de planos anteriores e posteriores são bloqueadas.

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A microscopia confocal focaliza em plano de foco espécimes de grande densidade e a imagem tridimensional é formada a partir da concentração de vários planos focais.

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Com a microscopia confocal de varredura, é fácil reconstruir uma imagem 3D a partir da primeira série de seções tiradas em diferentes profundidades.

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O tecido nervoso é um exemplo de tecido em que as técnicas de processamento digital de imagens melhoram a qualidade visual das imagens de microscopia confocal e, com isso, auxiliam na identificação de resultados.

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A microscopia confocal proporciona um meio para observar os componentes estruturais e as variações iônicas de células vivas e de tecidos em tempo real, porém, exige um tipo de fixação específico.

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É considerada uma ferramenta para obtenção de imagens com alta resolução e na reconstrução tridimensional de uma variedade de amostras biológicas.