Vetores de clonagem podem ser constituídos com base em elementos bacterianos extracromossômicos autorreplicáveis e vírus bacterianos. Estes vetores, independentemente, de sua base biológica, devem possuir a seguinte estrutura:
capacidade de inserto abaixo de 0,01 Kb em caso de isolamento de genes humanos
gene marcador sem distinção de células com vetor de clonagem sem incerto
um ou mais sítios singulares para a endonuclease de restrição
uma sequência de DNA desfavorável a sua replicação
uma ou mais moléculas de RNA de fita simples
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