Em protocolos de seqüenciamento de DNA a introdução de 7-deaza-citidina é necessária sempre que a seqüência a ser determinada:
for maior do que 400 pares de base;
for rica em nucleotídeos G e C;
apresentar um conteúdo A/T maior que 70%;
estiver muito próxima ao oligonucleotídeo iniciador da síntese;
estiver sendo realizada através do método químico.
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