As principais funções das regiões 5' e 3' de um RNA mensageiro eucarionte são, respectivamente:
controlar o tempo de vida do RNA mensageiro na célula e interação com a RNA Polimerase;
interação com o RNA transportador e processamento dos introns;
interação com os fatores de transcrição e controle do transporte do RNA mensageiro do núcleo para o citoplasma;
conferir afinidade pela sub-unidade menor do ribossoma e controlar o tempo de vida do RNA mensageiro na célula;
remoção dos introns e controle do tempo de vida do RNA mensageiro na célula.
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