O reconhecimento da região promotora pela enzima RNA Polimerase II constitui um fator crucial que determina a taxa de transcrição de cada gene, o tipo de célula no qual este gene será ativo e a fase de desenvolvimento no qual ele será expresso. Nesse processo de reconhecimento, é essencial a presença dos seguintes co-fatores:
DNA Polimerase III, ATP e Histona H1;
Sub-unidades ribossomais, Fatores de transcrição e dupla fita de DNA;
Região rica em A e T, GTP e Proteínas de ligação a cauda poli A;
Região rica em G e C, fita molde e GTP;
Fatores de transcrição, ATP, e cromatina descondensada.
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