Nos termos do Decreto no 3.591/2000, compete à Secretaria...

propor ao Órgão Central a normatização dos procedimentos operacionais dos órgãos e das unidades integrantes do Sistema de Controle Interno dos Poderes Executivo e Legislativo Federais e Judiciário.

avaliar o desempenho das auditorias interna e externa das entidades da administração indireta federal.

fiscalizar a execução dos programas de governo, salvo ações descentralizadas realizadas à conta de recursos oriundos dos orçamentos da União, quanto à qualidade do gerenciamento.

auxiliar o Órgão Central na aferição da adequação dos mecanismos de controle social e de sustentabilidade ambiental sobre os programas contemplados com recursos oriundos dos orçamentos da União.

apurar os atos ou fatos inquinados de ilegais ou irregulares, praticados por agentes públicos ou privados, na utilização de recursos federais.