Há diversos padrões e modelos de arquitetura de referênci...

no MVC, as classes que fazem conexão com banco de dados e executam instruções SQL são representadas no componente Model. Já no modelo three-tier, essas classes são representadas na camada de Dados (também conhecida como camada de Persistência).

o fluxo de comunicação entre os componentes View e Model do padrão MVC deve passar obrigatoriamente pelo componente Controller, pois o fluxo de comunicação é sequencial.

no modelo three-tier a camada de Apresentação deve se comunicar diretamente com a camada de Dados, sem passar pela camada de Negócios.

em uma aplicação web desenvolvida com Java EE, arquivos JSP são representados no componente Controller do MVC, pois esses arquivos são convertidos em servlet quando a aplicação é compilada e implantada.

classes que implementam as regras de negócio podem ser representadas tanto no componente Controller quanto no componente Model do MVC.